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鼻咽癌的病因有很多种理论。目前来说和三大因素有关，第一、就是大家公认的与EB病毒感染有关，就是说大多数的病人在鼻咽癌发病过程当中，EB病毒感染的抗体存在阳性。鼻咽癌的治疗，EB病毒感染的抗体可以下降。因此，经过临床的研究，大量的数据表明，鼻咽癌的发病与EB病毒感染有关系。
第二，与个人的体质、遗传因素有一定的关系。鼻咽癌目前在全世界的分布的主要是在东南亚以及中国的南方。它一般与种族遗传性有一定的关系。另外有一项研究表明在中国南方、广东、福建，一部分的人群移居国外几十年以后，那么在全世界发病的情况仍然与这部分人移民相关。
因此，就认为鼻咽癌与个体的基因遗传有一定的关系。中国的广东、福建、广西是国家鼻咽癌的高发区。全世界的病例也主要分布在中国的南方。第三个就是与相关的致癌因素有一定关系。
