保济丸和整肠丸两种药物都能够治疗消化不良、腹痛腹泻等肠胃不适症状，但是两者的成分以及治疗的侧重点都有明显区别，而且相比较之下，整肠丸能够调理肠胃，保济丸的止呕效果更明显一些，而且如果是急性感染导致的肠胃不适，不适合用保济丸。
1、 成分区别
保济丸和整肠丸比起来从成分上面就不一样，保济丸的成分是藿香、钩藤、橘红以及薏苡仁、谷芽等十几味中药材，藿香和钩藤能够清热解热，橘红、薏苡仁和谷芽等能够帮助肠胃消化，起到增益脾胃的作用。而整肠丸的成分主要是木榴油，木榴油的作用主要是调节肠道分泌，减少肠液的水分。
2、 功效差异
保济丸和整肠丸的功效也不一样，保济丸因为有神曲、谷芽这些成分，所以能够起到调节脾胃，帮助消化和减少腹胀、腹泻等情况发生的作用，而整肠丸因为主要是木榴油的成分，能够减少肠液的分泌，让肠道吸收多余的肠液和水分，这样一来就能够减少大便的水分，帮助治疗腹泻。另外一点就是整肠丸能有止痛作用，所以对于腹痛症状也有缓解作用。
3、 适用范围
保济丸主要适用于饮食上面吃得太多、吃的不干净这样一些情况导致的不消化、肠胃不适、拉肚子的症，还能起到一定的治疗风热感冒和晕车晕船的作用。而整肠丸主要就是针对于治疗饮食不消化、不干净导致的腹痛腹泻，有止泻止痛作用。
