胃食管反流较常使用的药物包括质子泵抑制剂、组胺H2受体拮抗剂、促动力药和胃黏膜保护剂，通过抑制胃酸的分泌、促进胃排空来缓解反流的症状。如果患者有恶心、呕吐等伴随症状，可以应用胃康胶囊等中成药来调理肠胃，改善胃肠失和的情况。
胃食管反流病的主要治疗目的为消除病因、控制症状、预防复发以及避免并发症，临床上常用的药物为抑制胃酸分泌的组胺H2受体拮抗剂，比如雷尼替丁、法莫替丁、西米替丁等等，也可以用效果更强的质子泵抑制剂，比如奥美拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑等，这类药物可以降低胃酸和胃酶的活性，缓解烧心、反酸的症状。
部分胃食管反流患者会合并有胃排空障碍，可以在应用抑酸药物的同时配合使用潘立酮、莫沙必利、西沙必利等促动力药，促进肠胃的蠕动，帮助消化。铝碳酸镁、硫糖铝等胃黏膜保护剂可以使症状较轻、间歇发作的患者临时缓解症状。如果患者因为精神压力过大而出现焦虑、抑郁、睡眠障碍等情况，还可以在医生的指导下使用抗焦虑或抗抑郁的药物。
除以上西药外，患者还可以在正规医院的中医师处开一些中成药，比如开胸顺气丸、胃康胶囊、达利通颗粒、胃苏颗粒等等。胃食管反流病比较容易复发，患者应该坚持改善饮食和生活习惯，以免该病反复发作。
