在临床上，结肠炎并不能够通过服药进行除根，服药只能够缓解结肠炎抵赖的不适症状。如果患者的结肠炎的自身免疫性肠病导致的溃疡结肠炎，那么在保守治疗无效的情况下可以选择全结肠切除手术，从而达到根治结肠炎的目的，并不能通过药物根治。
结肠炎病因上来说分为细菌性结肠炎和免疫性肠病导致的结肠炎。细菌性的结肠炎，主要是发生在夏秋季节进食不洁食物以后引起的肠道菌群紊乱，继发细菌感染，主要症状是腹痛，腹泻，通过口服抗生素就可以获得缓解或治愈。如果希望达到所谓的除根是做不到的。
自身免疫性肠病引起的结肠炎如溃疡性肠炎，溃疡性结肠炎治疗首选药物是美沙拉嗪。目前溃疡性结肠炎治疗上只能通过对症治疗来缓解症状，减缓溃疡结肠炎恶变的可能，以及继发中毒性巨结肠的可能，如果溃疡结肠炎继发恶变或保守治疗无效则需要做全结肠切除，可以根治结肠炎，但不能通过服药除根。
结肠是储存和排便的脏器，在结肠炎的治疗上，并没有除根和根治的说法，因此患者需要及时就医，听从医嘱服药，避免病情加重。
