克罗恩肠炎跟一般肠炎的区别主要在于病因、症状以及确诊检查上。一般的肠炎主要是由于肠道感染导致的，会出现腹痛、腹泻等症状，通过一般检查就能查出;而克罗恩肠炎的病因不明确，会出现全身症状，同时需要进行结肠镜检查、病理活检等。
1、病因不同
普通肠炎是细菌、病毒、真菌和寄生虫等引起的肠道感染，大多数有自限性，而克罗恩病发病原因目前还不清楚，根据医学研究本病病因可能与感染、遗传、体液免疫和细胞免疫有一定关系。
2、症状不同
普通肠炎主要症状表现有腹痛、腹泻、稀水便或黏液脓血便。部分病人可有发热及里急后重感觉，故亦称感染性腹泻;而克罗恩病的症状除了常见的腹泻、腹痛外，还会出现腹部有块、排便困难、脓血便的情况，有些患者会出现发热、贫血等全身症状。
3、检查不同
普通肠炎一般通过临床表现，X 线钡剂检查、内镜检查就能确诊治疗;克罗恩病医生会综合评估临床症状、实验室检查、内镜检查、病理检查和影像学检查等各项指标后做出诊断。诊断克罗恩病最敏感的方式就是结肠镜检查，可以判断病变位置，病变程度，同时可以取病理活检。
