长期吃益生菌是有害的。肠道菌群分为有益菌群和有害菌群，这些微生物基本保持在一个平衡的状态。肠道菌群是肠道微生态系统的一部分，各种微生物之间存在着复杂的竞争关系，但通常也保持着微妙的平衡，如果长期吃益生菌，也可能破坏这种平衡。
对于人体来说，肠道的微生物分解肠道内的食物残渣，既可以产生垃圾废物，也可以产生部分有益物质。因此，保持肠道微生态的平衡才是最重要的，我们不能一味大量补充益生菌。
如果长期或大量服用益生菌，可能会导致肠道微生态的再次失衡。我们服用某种益生菌时，并不代表可以绝对抑制有害菌的增殖，事实上也可能导致其它益生菌的减少。因为益生菌与益生菌之间也存在着竞争关系。
只有在益生菌缺乏的时候，补充益生菌才是最好的。如果无视肠道内微生态平衡的状况，随意滥用益生菌，只会适得其反。益生菌作为消化道疾病的一种辅助用药，通常也有自己的适应症，遵医嘱服用即可，不要长期或大量服用。如果是想通过服用益生菌来保健，直接服用益生菌不如补充益生元。
