1、病毒感染
病毒感染以肠道病毒、疱疹病毒、腺病毒、副流感病毒最为常见，传染性较强，多通过亲密接触和空气飞沫传染。比如，疱疹性咽峡炎多由于肠道病毒感染所引起，以消化道和呼吸道为主要传播途径。引起此病的肠道病毒中，大多为柯萨奇病毒A组，在小儿群体中最易感染。此外，柯萨奇病毒B组，埃可病毒3、6、9等亚型也可致病。
2、细菌感染
细菌感染以寄生在人体口腔的条件致病菌为主。最常见的菌群是甲型链球菌和厌氧链球菌，如肺炎链球菌。还有表皮葡萄球菌、梭形杆菌等。在正常情况下，人体免疫力可以与这些口腔菌群保持平衡，而不致病。当由于营养不足、压力过大、情绪抑郁、过度疲劳等因素导致免疫力降低时，这些细菌便会过度繁殖，引起口腔内的炎症。
3、其它病原体
常见的有螺旋体等致病菌，是一种介于细菌和原虫之间的原核生物，常寄生于人体口腔中。能够致病的主要有钩端螺旋体和梅毒螺旋体，具有一定的传染性。而且一经传染，会很快播散全身，侵袭多个器官。
