胶囊胃镜和无痛胃镜各有优劣，患者需要根据自身实际情况进行灵活选择。二者都不存在太大的痛苦，其中胶囊胃镜不仅可以随新陈代谢自然排出，还能够深入无痛胃镜难以到达的小肠区域进行检查，但无法进行病理活检、止血、息肉切除等治疗。
胶囊胃镜是通过控制带有内窥镜的胶囊机器人来进行胃镜检查的方式，在进行胶囊胃镜检查时，患者只需要吞服一颗胶囊机器人，随着磁控胶囊胃镜系统的操控与胃肠道的蠕动，机器人就能够全方位、多角度、无死角地将消化道内的情况传输到记录器中，还可以对病灶部位进行重点拍摄，是一种新型的胃镜检查手段。
无痛胃镜则主要是在进行胃镜检查前，使用芬太尼、利多卡因等药物对患者实施短期的全身麻醉，然后再将胃镜检查导管通过口腔与食道推入胃中，记录下食管、胃部、十二指肠等部位的情况。患者在无痛胃镜检查的过程中一直处于镇静昏睡的状态，能够有效减少导管推入时造成的不适感。
胶囊胃镜能够在检查后自然随新陈代谢排出体外，无痛、无创、无死角、无交叉感染风险，还可以观察到无痛胃镜无法到达的小肠粘膜，但胶囊胃镜无法对病灶部位进行取样，也无法进行镜下的治疗。无痛胃镜能够对病变部位粘膜进行活检，还可以进行止血和息肉切除等治疗，但由于其需要进行全身麻醉，部分人群不适宜选择。
