目前并没有治疗萎缩性胃炎最好的药物，这是因为药物的选择应该根据患者的病情严重程度来决定。且患者的体质也会影响到患者的用药，因此对于不同的患者来说，治疗萎缩性胃炎最好的药物是不同的，因此应该根据患者的体质病情来选择相应的治疗药物。
1、清除幽门螺杆菌治疗
萎缩性胃炎疾病多半是由于人体内的幽门螺杆菌所引起的，因此想要彻底的治疗胃炎，就需要通过药物的方式将幽门螺杆菌除去。目前市场上较为常见的抑制幽门螺杆菌的药物有阿莫西林、克拉霉素、四环素以及呋喃唑酮等，因此患者也可以在医嘱下选用相应的药物进行治疗。
2、抑酸抗酸治疗
胃酸过多也是引起患者引发胃炎的重要因素，因此想要彻底的治疗胃炎，就要进行抑酸抗酸治疗。避免胃酸过多对胃粘膜造成严重的刺激。根据患者的病情的严重程度，可以选用抗酸剂、H2受体阻滞剂等药物进行抗酸治疗。
3、胃黏膜保护剂
胃酸过多会导致胃粘膜被胃酸腐坏，因此在抗酸抑酸的同时，增强胃黏膜的防御机制也是有必要的。常见的胃粘膜保护剂有地诺前列酮、铝碳酸镁、硫糖铝等药物。
