小肠吸收不良综合症的治疗主要分为对症治疗和病因治疗。对症治疗时需要针对患者的腹泻、胃酸分泌过多等给予止泻药物或者抑制胃酸的药物。病因治疗时，如果患者的疾病是由克罗恩病导致的，就需要应用氨基水杨酸类药物、糖皮质激素等。
小肠吸收不良综合症一般是指各种原因引起的小肠消化、吸收功能减损，导致营养物质不能够被正常吸收，而从粪便从排出，引起患者营养缺乏的症状。同时因为患者多有腹泻，且分辨稀薄量多，含有较多油脂，又被成为脂肪泻。
因为患者的个体差异比较大，所以在用药方面医生会根据患者的实际情况进行治疗，治疗主要包括对症治疗和对原病的病因治疗。如果患者经常出现腹泻的情况，就需要给予止泻药物;如果患者的胃酸分泌过多就，就需要给予抑制胃酸分泌的药物。
因为能够引起小肠吸收不良综合症的疾病较多，因此病因治疗主要分为药物治疗和手术治疗。如果患者的小肠吸收不良综合症是由克罗恩病导致，就需要应用氨基水杨酸类药物、糖皮质激素等;如果是肠结核导致的，就需要联合应用抗结核药物杀灭结核杆菌。
