超声波碎石对于患者的肾脏也有一定的损害，会导致患者的肾脏周围的微血管、毛细血管和周围的毛细淋巴管出现破裂。如果患者在短时间内多次碎石，还会影响到患者肾脏的生理功能。同时还有研究表明，长期进行超声波碎石的患者会有肾萎缩的风险。
超声波碎石采用的是机械振动的方法将结石震碎，主要针对于直径小于2厘米的结石。对于多发性肾结石，患者则需要经历多次碎石。虽然超声波碎石治疗直径较小的结石有效，但是如果多次进行碎石，也会对患者的肾脏造成一定的影响。
首先，当体外冲击波在穿透组织界面时，大量的热能被释放，能使得肾组织细胞受到灼伤，使得肾脏周围的微血管、毛细血管和周围的毛细淋巴管出现破裂;其次如果患者在短时间内多次碎石，就会影响到肾脏周围的血流速度，使得血流速度减慢，影响肾脏应有的生理功能。
除此之外，有研究表明，长期进行超声波碎石的患者，在以后发生肾脏萎缩的风险会明显增加。因此患者在生活中要养成良好的生活习惯和饮食习惯，降低出现结石的风险。
