肾盂肾炎的病因主要有上行感染、直接感染等，其中直接感染是主要导致肾盂肾炎的病因之一。因为女性尿路相比于男性短而宽，因此肾盂肾炎在临床上多发于女性。除此之外，尿路梗阻、畸形也会导致感染因素持续存在，从而出现肾盂肾炎。
1、尿路梗阻
尿路梗阻、畸形以及机体免疫力低下等感染因素都会持续的存在，抗菌治疗没有彻底控制急性肾盂肾炎，形成的肾盂黏膜下的炎症或者小脓肿，可留下小的疤痕，引起肾脏内的梗阻，导致疾病反复发作，或者蔓延为慢性的肾盂肾炎。
2、上行感染
上行感染是常见的肾盂肾炎原因，如果机体抵抗力下降、尿道黏膜有轻微损伤后，细菌容易侵袭到膀胱和肾脏造成感染。由于女性的尿道比男性短而宽，因此在临床上肾盂肾炎多发于女性。
3、直接感染
各种致病微生物直接侵袭所引起的肾盂肾盏黏膜和肾小管、肾间质感染炎症。在一些患者的肾疤痕组织中存在病菌抗原，表明在这种疾病的发病机理中，免疫性肾组织损害，这是主要导致肾盂肾炎的病因之一。
