从临床的角度讲，不存在所谓的最佳治疗方法，而是根据患者的详细病情来制定最合理的治疗方案。比如5毫米以下的小结石，不用特殊治疗，重在预防;2厘米以下的结石，没有引起明显症状者，一般采取保守治疗;2厘米以上的结石，经保守治疗无效者，需手术治疗。
胆囊结石可自行排出的，主要是5毫米以下的微小结石，5-10毫米的结石排出率相对较低，但部分也可自行排出。因此针对5毫米以下的结石患者，重在建立良好的生活习惯来进行预防，比如清淡饮食，坚持锻炼等。对于5-10毫米的结石患者，可以在中医指导下，使用鸡内金、金钱草和茵陈等中药进行治疗，可以促使结石缩小，促使排出，同时也要注意生活习惯的改善。
对于1厘米以上的结石，通常认为是无法自行排出的，但如果随意切除胆囊，也存在手术后遗症等问题。因此1-2厘米的胆结石患者，如果没有发生结石嵌顿以及胆囊穿孔等严重并发症，可以采用保守治疗，尽可能保留胆囊的功能，比如服用去氧胆酸和利胆片等药物，促进结石缩小，以及缓解腹胀、嗳气等不适症状。
对于超过2厘米的结石，或者发生了结石嵌顿等并发症，药物治疗的效果通常不佳，因此经过保守治疗无效后，需要考虑手术治疗。手术治疗包括微创手术和传统开腹手术，对于数量少、大小适中的单纯性胆囊结石，临床上通常建议行微创保胆取石术;对于多发性的大结石，通常临床上会建议切除胆囊。
