正规的针刀治疗一般不会留下后遗症。但如果在不正规的地方进行针刀疗法，有可能会损伤重要的神经、血管、韧带等组织，因此患者一定要去正规医院就诊。除此之外，患者也要做好术后的配合，预防感染，做好功能锻炼，以免影响关节的功能。
如果进行正规的针刀治疗，严格把握好适应症和禁忌症，医生的专业知识和操作技术都是过关的，而且患者也能做好治疗前后的配合，那么一般是不会留下后遗症的。如果发生了后遗症，通常是因为患者在不正规的地方进行治疗，操作者的技术不过关，或者盲目扩大针刀治疗的适应范围。
针刀治疗主要适用于腱鞘炎、腱鞘囊肿、滑膜炎、肌筋膜疼痛综合征、颈椎病、腰椎病、骨关节病变等疾病。在内脏疾病发作期、凝血功能异常、严重骨质疏松或者患有癌症等重症疾病时，禁止针刀治疗。局部皮肤有破溃感染，治疗部位有不能避开的神经血管时，也不能进行针刀治疗。
患者在进行针刀治疗时，一定要去正规的中医院，从而尽可能保证安全。如果去不正规的机构，操作者对解剖不熟悉，或者操作手法不规范，很可能会损伤重要的神经、血管、韧带等组织，从而导致局部感觉异常、关节功能障碍、肢体活动受限和血肿等问题。
