对于2岁以下的婴幼儿，是不建议补充益生菌的，因其肠道菌群正处于建立期间，所谓的益生菌，可能对于肠道功能尚未健全的婴幼儿来说未必是好事。有免疫力严重低下、免疫缺陷、肠道屏障出现问题的人也需要谨慎服用，最好不要服用益生菌。
益生菌的作用，在过去的几十年中，有几千项相关的研究成果发表，其中益生菌相关的临床研究数量也在逐年上升。在针对肠道调节、调节免疫、缓解过敏、抑制癌症以及女性健康等方面，都有许多积极的效果。
免疫力严重低下，有免疫缺陷的人、肠道屏障出现问题的人。这两类人服用益生菌是都需要谨慎服用，最好不要服用。不过益生菌对于这类人的感染几率，从目前的统计数据来看，是非常低的，很多学者都认为这些副作用都属于偶发性的。
有中心静脉导管的人, 年龄大的病人、先天性心脏病、有心瓣膜疾病的人，肠道手术在恢复期的病人、恶性肿瘤病人，严重的炎症性肠病、肝硬化腹水病人最好也不用服用。而对于年龄偏大的人来说，受年龄、疾百病、药物、饮食等的影响，其肠道菌群可能存在益生菌不足的情况，则可以适当使用益生菌制品。
