益生菌可以治疗便秘。患者肠道菌群失调时，益生菌减少，致病菌增多，患者会出现便秘、腹痛等症状。口服益生菌后，益生菌会在肠道内分解，产生乳酸、醋酸等酸性物质，患者肠道内的pH值下降，改善肠道的微环境，刺激肠道蠕动加快，改善便秘。
益生菌是有双向作用的，不仅能治疗便秘，还能有效制止腹泻。首先，肠道菌群失调，会使有害菌增多，产生大量的肠毒素，使肠中毒、麻痹、蠕动减缓，从而导致便秘的情况发生。而补充一些益生菌，可以分泌抗菌凝固素，有效抑制肠道内有害菌的繁殖，促进有益菌的协同增殖，从而快速恢复肠道菌群平衡，消除肠毒素，解除肠麻痹，使便秘的症状得以改善。
另外，微生物在肠道会帮助我们消化食物、打击有害细菌、调节免疫系统。但有时发生微生物不平衡时会导致腹泻和其他健康问题。这个时候，益生菌已经被证实可以分泌保护物质，这可能对免疫系统和防止病原体制造重大疾病有一些作用。
补充益生菌，筑就肠道免疫“长城”，要让肠道益生菌数量增加，既可以“种”，也可以“养”。种养结合，肠道就能更快地恢复年轻。免疫力低下，容易罹患感冒和肠道疾病的人工喂养儿，早产儿、低体重儿、剖腹产儿等，他们需要补充益生菌促进肠道吸收，增加免疫力。
